On y distingue un fonds d'archives et un ensemble de manuscrits enluminés. Un millier de documents d' archives regroupent les papiers de l'ancienne Académie royale de peinture et de sculpture (procès-verbaux, inventaires, séries de comptabilité et les célèbres conférences académiques qui fondèrent la doctrine artistique française de l'Ancien régime), ainsi qu'un certain nombre de pièces qui concernent la vie de l' École ou la vie artistique du XIXe siècle, papiers du peintre Jacques-Louis David, correspondance de l'architecte Charles Garnier, mémoires inédits des envois de Rome d'architecture. Enfin, 390 importants manuscrits à peintures et fragments enluminés du XIIe au XVIIe siècles proviennent des collections Jean Masson, Claude Aimé Chenavard et Achille Wasset.
© Compendium historiae in genalogia Christi ou "Arbre de Jessé". Rotulus de 1290 représentant la généalogie du Christ.

Lettres patentes pour la fondation de l'Académie royales de Peintures, 1648

Listes des noms et demeures de Messieurs les Académiciens, depuis l'année 1675 jusqu'en l'année 1751

Billets d'enterrement et de service de Messrs de l'Académie royale de peintvre et scvlptvre, qui sont morts depuis l'établissement d'icelle en 1648 iusqu'à l'année courante, recueillis et mis en ordre par Antoine Reynès

Sacre de Claude de France

Art de trancher les viandes et toute sorte de fruicts à la mode italienne et nouvellement à la françoise

Vie de Saint-Antoine

Tractatus de Herbis

Heures à l'usages de Bourges

Masorah, fragment