L’enseignement de l’anatomie qui existe depuis les débuts de l’Académie royale acquit une importance décisive à l’époque des Lumières. Son développement entraîne au XIXe siècle l’établissement d’une collection particulière, faites d’écorchés, de moulages sur nature et d’ossements, conservée à proximité des lieux d’enseignement. Constituée de quelques pièces iconiques, dont le grand écorché en bronze donné par Jean Antoine Houdon à l’Académie en 1792, elle s’accroît considérablement par le biais de donations comme celle faite en 1825 par le chirurgien Jean Joseph Sue, professeur à l’École, qui possède un cabinet anatomique très réputé mais aussi grâce à d’importantes acquisitions, à l’instar de l’ensemble des moulages animaliers sur nature achetés par l’État lors de la succession du célèbre sculpteur animalier Antoine Louis Barye (1876). Elle s’enrichit aussi par le biais des exercices pédagogiques, comme les moulages sur nature des dissections faites à l’École ou les œuvres lauréates du concours d’anatomie établi en 1855. Aujourd’hui, les sculptures, moulages sur nature et « naturalia » (ossements, animaux naturalisés ou momifiés) se trouvent conservés dans un espace distinct, situé au-dessus de l’amphithéâtre de morphologie dénommé galerie Huguier, du nom du professeur d’anatomie Pierre Charles Huguier qui en est à l’origine. Cette collection, régulièrement sollicitée pour l’enseignement, a toujours aujourd’hui un profond impact pédagogique.